有人認為，這是《蒙古字韻》作者弄錯了（摘自知乎文章「蒙古字韻音系特點總結」）：
不過，這個結論似乎有些過於武斷了。究竟是否弄錯，這一點很好證明，只要從當時的八思巴字文獻裏，找出漢字詞的部分，就可以確認究竟是《蒙古字韻》弄錯，抑或是本來設計就如此。
以下從《八思巴字蒙古語文献彙編》裏所錄詔書，隨機挑選數字：
（漢語聲母括號裏的拼音，採用 Polyhedron 所設計之中古漢語拼音方案）
| 漢字 | 八思巴字 | 音韻對應 | 來源詞 |
|---|---|---|---|
| 大 | ꡈꡗ | 八思巴字對音：tay 漢語音韻：定母（d） | 大都 ꡈꡗ ꡊꡟ |
| 都 | ꡊꡟ | 八思巴字對音：du 漢語音韻：端母（t） | 大都 ꡈꡗ ꡊꡟ |
| 平 | ꡌꡞꡃ | 八思巴字對音：ping 漢語音韻：並母（b） | 平谷 ꡌꡞꡃ ꡗꡦꡟ |
| 州 | ꡆꡞꡓ | 八思巴字對音：jiw 漢語音韻：照母（cj） | 林州 ꡙꡞꡏ ꡆꡞꡓ |
以下取自「大元增封東鎮元德東安王詔碑」：
| 漢字 | 八思巴字 | 音韻對應 |
|---|---|---|
| 帝 | ꡊꡞ | 八思巴字對音：di 漢語音韻：端母（t） |
| 定 | ꡈꡞꡃ | 八思巴字對音：ting 漢語音韻：定母（d） |
| 九 | ꡂꡞꡓ | 八思巴字對音：giw 漢語音韻：見母（k） |
| 鎮 | ꡆꡞꡋ | 八思巴字對音：jin 漢語音韻：知母（tr） |
由上述例字可見，以八思巴字拼寫漢字時，確實是清濁互置。至於原因為何，愚有以下推想：
首先應當明白一點，創製八思巴字的目的，是要讓蒙古人可以直接看字讀音，而不必管它寫的是甚麼語言，因此雖然以字形來說，八思巴字是以藏文為底而設計出來的，但在語音上，蒙古語音才是八思巴字的基底。
而蒙古語裏，塞音間之最明顯的區別，即在於送氣與不送氣。這就好比現代漢語只有送氣與不送氣的清音，在與英語對比時，自然會以送氣音（ㄆㄊㄎ）對應英語清聲（p、t、k），以不送氣音（ㄅㄉㄍ）對應英語濁聲（b、d、g），但在語音學上，不送氣清音（consonnes sourdes aspirées）與濁音（consonnes sonores）並不等同，這也是為甚麼舊式的威妥瑪拼音以 p、t、k 來拼寫ㄅㄉㄍ（而不以 b、d、g），以 p'、t'、k'（撇號代表送氣）來拼寫ㄆㄊㄎ之故。順帶一提，威氏拼音由於撇號經常被省略，所以「臺北」T'aipei 才會變成 Taipei。
| 清音 不送氣 | 清音 送氣 | 濁音 | |
|---|---|---|---|
| 英語 | spy | p | b |
| 注音符號 | ㄅ | ㄆ | - |
| 威氏拼音 | p | p' | - |
| 漢語拼音 | b | p | - |
因此，一開始先是以送氣清音藏文作蒙古語送氣音八思巴字，以濁音藏文作蒙古語不送氣音。
| 藏文 | ཀ (k) | ཁ (kh) | ག (g) |
|---|---|---|---|
| 蒙語 八思巴字 | - | ꡁ (ᠬᠠ) | ꡂ (ᠭᠠ) |
在蒙古語音拼寫定下來後，要轉寫漢語時，可能按當時語音之近疏，以蒙古語送氣音對應漢語次清音，以蒙古語不送氣音對應漢語全清音。這一點，也可以由《元朝祕史》的音譯字來佐證，比如「亦兒堅」（irgen）、「兀該」（ügei）、「格兒」（ger）、「成吉思」（činggis）等，都是以「見」母字對譯蒙古語的 g。
| 漢語 | 見（k） | 溪（kh） | 群（g） |
|---|---|---|---|
| 蒙語 八思巴字 | ꡂ (ᠭᠠ) | ꡁ (ᠬᠠ) | - |
| 漢語 八思巴字 | ꡂ (g) | ꡁ (kh) | ꡀ (k) |
於是，在需要轉寫漢語濁音時，只好再拿原本蒙古語沒用到的不送氣清音藏文，來作其八思巴字。
此外，從今日藏語來看，g- 也並非發濁音，而是清音化送氣（客家話亦有濁音清化送氣的現象），惟聲調有別。雖然不知當時的藏語發音是否已有此變化，但這也不失為一思路。
| 藏文 | ཀ (k) | ཁ (kh) | ག (g) |
|---|---|---|---|
| 國語 注音 | ㄍㄚˋ (gà) | ㄎㄚˋ (kà) | ㄎㄚˊ (ká) |
